De forma a lidar de forma mais eficiente com os novos desafios, a governança das políticas de desenvolvimento territorial mudou significativamente nas duas últimas décadas. Enquanto no passado a governança territorial era, principalmente, de natureza hierárquica, muitas vezes desenvolvida no âmbito de relações descendentes (top-down), uma série de fatores levaram, entretanto, à adoção de visões mais flexíveis, nas quais a cooperação e as parcerias desempenham um papel importante, nomeadamente nas seguintes áreas:

• Relações verticais e horizontais entre as administrações públicas responsáveis pelo ordenamento do território e pelas políticas sectoriais com impacte territorial, substituindo parcialmente o anterior modelo de relações hierárquicas e permitindo assegurar uma coerência progressivamente maior entre distintas políticas públicas com o objetivo de retirar melhor partido da coesão territorial e do desenvolvimento sustentável;
• Relações entre administrações públicas e representantes da sociedade civil, visando fortalecer a adesão da sociedade civil aos objetivos de ordenamento do território, compatibilizar medidas públicas e decisões privadas, em particular no que respeita aos investimentos, e minimizar potenciais conflitos de interesse;
• Relações entre áreas rurais e áreas urbanas, visando fortalecer o desenvolvimento das áreas rurais através dos serviços fornecidos pelas entidades urbanas, aliviar a pressão exercida pelas áreas metropolitanas sobre as áreas rurais circundantes e conferir uma natureza sustentável às diversas funções das relações urbano-rural;
• Relações transfronteiriças e transnacionais, tendo em vista a harmonização das políticas de desenvolvimento territorial desenvolvidas em cada um dos lados das fronteiras nacionais.